בישיבה מגמת מוזיקה מצוינת הנותנת פתרון הן לתלמידים הלומדים מוזיקה באופן סדיר והן לתלמידים שהגיעו לישיבה ללא רקע וברצונם להתחיל ללמוד לנגן על כלי נגינה.

לימודי המוזיקה בחלקם הנם לימודים עיוניים ובנוסף מודגש הפן המעשי של הנגינה

 ע"י הרכבים מוזיקליים של תלמידים מהמחזורים השונים.

מעבר ל-5 יחידות במוזיקה, תלמיד הלומד על כל כלי שהוא אצל מורה פרטי יכול להרחיב עוד 5 יחידות ע"י בחינת רסיטל ובכך מסיים עם 10 יח"ל.

בנוסף, ישנו מסלול מיוחד בשיתוף עם הקריה האקדמית אונו, לקראת צבירת קורסים ונקודות לתואר במוזיקה. בין הקורסים – בניית אולפן ביתי, למידת תוכנות עריכה, הלחנה ועוד. התכנית מועברת בקריה האקדמית אונו באולפנים וחדרי למידה החדישים והמשוכללים ביותר בארץ.

החיבור למוזיקה הנו טבעי לבן תורה, והישיבה רואה בו תוספת חיבור לפן הרוחני, הרגשי וההתפתחותי של תלמידי הישיבה. המגמה בולטת מאוד באירועי הישיבה, כמו גם במופעים שונים מחוץ לישיבה.